La Junta de Aeronáutica Civil es un órgano administrativo pluripersonal compuesto por:

• El Consejo, que es un órgano resolutivo, de composición interministerial y presidido por el Ministro de Transportes y Telecomunicaciones.
• La Secretaría General como órgano ejecutivo, cuyo jefe de servicio es el Secretario General.

El Consejo, es el órgano resolutivo, de composición interministerial, integrado de la siguiente forma:

• Ministro de Transportes y Telecomunicaciones, quien lo preside.
• Director General de Aeronáutica Civil.
• Subsecretario de Relaciones Exteriores.
• Subsecretaria de Desarrollo Social.
• Director de Aeropuertos- MOP.
• Dos representantes designados por el Presidente de la República.
• La Secretaría General, corresponde al órgano ejecutivo.
• El jefe de servicio es el Secretario General.